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你体内有一段DNA,来自一个从未被找到过的人类近亲。没有化石,没有骨头,没有牙齿

你体内有一段DNA,来自一个从未被找到过的人类近亲。没有化石,没有骨头,没有牙齿,什么实物证据都没有。它只存在于你的基因组里,像一个签名,它指向一支大约在50多万年前就与我们分家的谱系。

不光是你。美国加利福尼亚大学伯克利分校的计算生物学家张玉林(Yulin Zhang,音译)和美国约翰斯·霍普金斯大学的遗传学家比丹达(Arjun Biddanda)领衔的团队,分析了来自全球的503个现代人基因组,在每一个被检查的人群里,都发现了这段来历不明的基因。非洲人有,欧洲人有,亚洲人有。它无处不在。

这项发表在《科学》(Science)上的研究,用的是一个巧妙的思路。人类基因组里不只藏着一棵家族树,而是藏着成千上万棵。每一小段DNA都在世代繁衍中被打乱重组,各自记录着一段独立的遗传史。把这些微型家谱拼起来,就能倒推出每一段DNA是什么时候、从哪条谱系进入我们体内的。大部分现代人的DNA,往回追溯10万到20万年就能汇聚到同一个祖先。但如果某段DNA来自一个跟我们分家很久的古老人群,它在家谱上就会拖出一根异常长的枝杈,一眼就能看出来不属于这棵树的主干。

团队为此开发了一套叫TRACE的数学模型,专门沿着染色体一路扫描,标记出哪些片段带有古老谱系的印记。结果在意料之中,也在意料之外。

意料之中的部分:非洲以外人群的基因组里,大约2%的DNA来自古老谱系,其中约1%能跟已测序的尼安德特人对上号,还有一小部分属于丹尼索瓦人。这跟过去的研究结论一致。

意料之外的是剩下的那些。在非非洲人群中,还有大约0.5%到1%的DNA,跟任何已测序的古人类基因组都对不上。这个比例因人群而异。这些DNA来自一支大约在50万年前就跟我们分道扬镳的谱系,分家的时间跟尼安德特人和丹尼索瓦人差不多。但它既不是尼安德特人,也不是丹尼索瓦人,也无法与任何已测序的古人类基因组对应起来。研究者管它叫“幽灵谱系”。

科学家早就知道,人类基因组里有一些区域几乎不含尼安德特人和丹尼索瓦人的基因,一直被认为是现代人类独有的领地。张玉林团队专门去查了这些区域,发现幽灵谱系的DNA恰恰藏在里面。伯克利的群体遗传学家穆尔贾尼(Priya Moorjani)是这项研究的合著者,她说团队对此非常吃惊。

这些区域里有一段特别引人注目,它紧挨着一个叫FOXP2的基因。FOXP2跟人类的语言能力密切相关,是研究人类为什么能说话的关键基因之一。一个50万年前就跟我们分家的未知近亲,在一个过去被认为缺少古人类基因的区域留下了印记,而且这个印记一直被我们当成了“自己的”。

这个发现之所以重要,是因为它为人类演化研究中一块长期的空白提供了新的线索。在非洲以外,科学家可以拿现代人的DNA跟尼安德特人、丹尼索瓦人的古DNA直接比对,确认谁跟谁混过血。但在撒哈拉以南非洲,从来没有提取到过古人类的基因组。当地的气候和环境条件不利于古DNA长期保存。这意味着,如果我们的祖先在7万年前大规模走出非洲之前,就已经在非洲跟其他古老人群混血了,传统方法根本看不出来。

美国耶鲁大学的计算生物学家赖利(Patrick F. Reilly)没有参与这项研究,他指出,跟任何方法一样,TRACE也会有假阳性。他建议用另一种方式来交叉验证:如果这些幽灵谱系的DNA片段与尼安德特人和丹尼索瓦人的基因组相似度同样低,那就能推断,这支幽灵谱系可能构成了与尼安德特人、丹尼索瓦人乃至现代人类距离相当的一个姐妹群。

至于这些幽灵到底是谁,长什么样,在哪里生活过,目前一无所知。除非在非洲找到保存了DNA的化石,否则它们可能永远只存在于我们的基因组里。赖利说,在那一天到来之前,恐怕只能靠TRACE这样的方法来追踪它们了。

大约50万年前分家的一支人类近亲,没有留下一根骨头,却在今天地球上每一个被检查的人群的基因组里留下了签名。

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图为重叠的彩色人头剪影,图源:smartboy10/Getty Images

信源:Krywko, Jacek. "Everyone alive may carry DNA from a ‘ghost lineage’ of human ancestors." Scientific American, edited by Allison Parshall, 30 July 2026