中日之间当然有结构性矛盾，不过不是来自中国，而是来自日本。所以，中日关系处于困难时期，基本上都是中方释放善意，改善双边关系。而造成中日关系出现问题的，反而基本上是日方。
中日之间的结构性矛盾，有三点。第一是日本对历史问题的态度，第二是美日同盟关系，第三是台湾问题。这三个结构性矛盾是互相牵连的。
日本至今对侵略战争和军国主义没有深刻反省，甚至国内有美化的强大社会基础，这就造成了日本国内的右翼保守有强大的民意，甚至现在越来越占据主流。其最具有代表性的是靖国神社参拜，中日双边关系数次因此急剧恶化。
而右翼保守的基础是美日同盟，当中美关系较好时期，日本右翼保守对中日关系会有所收敛，中日关系较平稳，但中美关系出现对抗的时候，则右翼保守会积极配合美国，导致中日关系急剧恶化。目前，由于中美进入全面和长期对抗和竞争的时期，中日关系的主旋律同样也进入“长期稳定”的恶化状态。
台湾问题是中美关系，也是中日关系最敏感的问题，钓鱼岛也是其范畴之一。和靖国神社参拜并列，中日关系急剧恶化的直接导火索之一。
但以往中日关系有经济关系这一个非常重要的压舱石，所以在政治外交方面中日关系恶化的杠杆一头开始翘起时，往往有中日经济关系这一边的压舱石把其压住，某种程度上稳定了中日关系。但现在，随着中国经济实力越来越强，日本与中国差距越来越大，这个压舱石逐渐压不住了，这才是日本国内的知华派最担心的。