仅退款制度主要损害了商家的利益。该制度允许消费者在商品出现问题或不满意时直接申请退款，减少了商家对商品质量和售后服务的控制空间，增加了退货率和运营成本。此外，部分消费者可能利用仅退款制度进行恶意退货，导致商家遭受经济损失和信誉风险。虽然保障了消费者权益，但也使商家承担了更大风险和压力，影响其正常经营和利润。