吴石其实事发后按常理死不了，他是参谋次长，顶头上司周至柔并不想他死，安排的三个审判长蒋鼎文、韩德勤（黄桥决战被粟裕打得屁滚尿流那位）、刘咏尧（刘若英的爷爷）属于两个半闲人，韩德勤是吴石保定校友，蒋鼎文和刘咏尧与吴石私教不错。
先看吴石的顶头上司——当时的参谋总长周至柔。在国民党军队的权力架构里，大权在握。吴石是他的参谋次长，两人在国防部里天天低头不见抬头见，工作交集极深。下属是天字第一号的间谍，做上司的岂能脱得了干系？一旦吴石被绑赴刑场公开枪毙，等于向全天下宣告国防部的核心班底出了极大的纰漏。周至柔深知，保住吴石的命，其实就是在保全自己和国防部残存的颜面。他不愿意把事情做绝，试图用一套官场上惯用的降维手段，把一场死劫化解为重判监禁。死罪一旦免去，等风头一过，事情也就慢慢淡化了。
为了实现这个目的，周至柔在安排特别法庭的审判长和审判官时，动了极其精明的脑筋。他没有安排那些杀气腾腾、急于立功的死硬派特务，也没有找军法局里六亲不认的酷吏。他精挑细选，找来了三个在当时台湾军界地位极高、但手里毫无实权的“两个半闲人”。
找谁来主审这个案子？周至柔环顾四周，目光锁定在蒋鼎文身上。蒋鼎文当年跟着蒋介石南征北战，名列威风凛凛的“五虎上将”，绝对是黄埔系里元老中的元老。可惜时过境迁，退到台湾后的蒋鼎文早已没了骄兵悍将的威风，只剩下“战略顾问”的虚衔，成了个彻头彻尾的闲人。但闲人有闲人的好处，他威望极高，没人敢轻易动他。更绝的是，蒋鼎文在大陆时期就和吴石私交相当不错。老朋友审老朋友，下手自然会有分寸。让老将坐上审判席，这本身就是周至柔发出的一个强烈的保人信号。
再看第一位审判官韩德勤，他的出场自带一种浓厚的无奈色彩。提到韩德勤，熟悉战史的朋友立马会想到苏北黄桥决战。在那场硬仗里，韩德勤作为国民党江苏省主席兼鲁苏战区副总司令，被粟裕大将打得丢盔弃甲、屁滚尿流。退败台岛后，他同样被冷落，成了一名无兵可带的战略顾问。但他和吴石的关系非同一般——两人都是保定陆军军官学校毕业的校友。在民国军界，保定系的同学情谊极为深厚。老同学坐牢，老同学来审，韩德勤心里自然有一本向着吴石的账。
最后是第二位审判官刘咏尧。他当年曾是黄埔一期的神童，十几岁就上阵杀敌，很早就扛起了将星。到了台湾，刘咏尧虽然偶尔代行过一些要职，勉强算那“半个闲人”，但总体上已经被边缘化。刘咏尧为人温雅儒弱，注重军中文教，平时和学识渊博的吴石很聊得来，两人互相欣赏，私交甚笃。
把这三个人凑在一起组成特别法庭，周至柔的算盘打得很精：借他们的老资格和老交情，给吴石留口活气，走个过场，重判免死。
这三位老将也都心领神会，并且真的付诸了行动。1950年5月底，法庭大门一关，秘密审理开始。这三位审判官并没有摆出铁面无私的架势，反而展现出了极其默契的庇护态度。面对铁证如山的指控，吴石等人的涉案事实已经无法推翻。但蒋鼎文、韩德勤和刘咏尧经过商议，硬是凭借老资格，联名给周至柔递交了一份极具倾向性的报告。在这份报告里，他们写得很有艺术，承认吴石、陈宝仓、聂曦、朱谌之等人罪行严重，理应重判，紧接着笔锋一转，以被告人在法庭上已经展现出“深刻忏悔”为由，极力恳请免除吴石等人的死刑。
周至柔收到这份报告后顺水推舟，立刻将其转呈给了当时的最高决策者蒋介石。按照周至柔和这三位老将的设想，即便上面不高兴，顶多也就驳回重审，总能留有斡旋的余地。
然而，对于刚刚经历大败退的国民党高层来说，“抓内鬼”已经成了一种近乎偏执的神经反射。吴石泄露的情报级别之高、影响之大，早已触碰了最高统治者的逆鳞。6月7日，这份旨在“保命”的审判报告摆在了蒋介石的案头。看着这几个老部下竟然在这个时候还在讲究同窗情谊、私下包庇，蒋介石雷霆震怒。当时正急于用严刑峻法来稳固统治，这种求情报告简直就是往枪口上撞。蒋介石当即拿起笔，写下了一段措辞极其严厉、杀气腾腾的批示：蒋鼎文、韩德勤、刘咏尧这三人审判极其不公，竟然公然为罪犯说情，实在是违法到了极点！必须立刻将这三人的原职全部革除！
这道手令一下，局势瞬间崩盘。不仅吴石的命保不住了，连带三个审判长和审判官也惹火烧身。
6月10日，天空阴霾密布，台北市下起了蒙蒙细雨。国防部军法局的高等军法审判庭再次开庭。这一次，没有任何回旋的余地。依然是蒋鼎文担任审判长，但他只能机械而沉重地宣读出那份最高当局定下的判决书：吴石、陈宝仓、聂曦、朱谌之四人，判处死刑，立即执行。
临刑前，法庭允许他们留下遗言。吴石提笔写下了一首绝命诗，其中有两句尤为悲凉：“天意茫茫未可窥，遥遥世事更难知。” 随后，四人被押解到台北马场町刑场。伴随着几声沉闷的枪响，一代将星倒在了血泊中。